class: center, middle, inverse, title-slide # R para datos de biologging ## R Markdown, Version Control y Reproducibilidad ### Rocío Joo ### Nov.-Dic. 2020 --- # Objetivos de esta unidad * Introducción a documentos R Markdown para crear reportes, presentaciones y artículos científicos en diferentes formatos. * Introducción a control de versiones con Git y GitHub * Discusión sobre reproducibilidad --- # RMarkdown * Haremos una demostración rápida de un reporte usando el template. * Lo mismo para slides * Mostraré algunos ejemplos propios: * Reporte juveniles * Partners-at-sea * Mov-eco -> formas de escribir artículos * Diapositivas del curso con `xaringan` * Artículos con [`rticles`](https://github.com/rstudio/rticles) --- # Git y github * **Git** es un sistema de control de versiones. -- * **Github** es un servicio para alojar repositorios de manera remota. -- * Volver a mis ejemplos. * Empezar un repositorio github. Commit. Push. --- # Reproducibilidad * ¿Qué tanta confianza tengo en mi trabajo? * Haber hecho los análisis correctos * **Haber hecho los análisis correctamente** -- * Al publicar mi trabajo, si compartiera mis datos, ¿cualquiera podría reproducir mis análisis? * Tratando de cuantificar este aspecto en ecología del movimiento. -- ## Sugerencias para mayor transparencia * Tener un repositorio público * Compartir datos * [Zenodo](https://zenodo.org/) * Compartir pre-prints -- ¿Qué piensan sobre esto? --- # Redes * Statistical Ecology Slack group * [R-Ladies](https://benubah.github.io/r-community-explorer/rladies.html) y [comunidades de usuaries](https://benubah.github.io/r-community-explorer/rugs.html) * [useR!](https://user2021.r-project.org/) -- ¿Qué redes sugieren al grupo? --- # Actividades 1. Juntarse en grupos 2. Hacer un plan de trabajo: * ¿Qué análisis queremos hacer? (Terminar los de sesiones anteriores, explorar paquetes, etc.) * Reporte: Con todo lo que han hecho en el curso hasta ahora, incluyendo descripción de datos, preguntas, análisis e interpretación de resultados. De preferencia en Rmd (pueden ser slides). 3. Compartir sus resultados * Dentro del GD: CURSO R-biologging/R-Rocío/07-R-Markdown/Actividades/, * Crear una carpeta con sus iniciales, e.g. "CI-CZ" * Colgar el reporte * Si prefieren hacer el trabajo individualmente, dentro de la carpeta del grupo, creen subcarpetas por persona --- # Bibliografía * Rmarkdown: * [R Markdown: The Definitive Guide](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/compile.html) * [Introduction to Presentations in Rmarkdown](http://data-analytics.net/cep/Schedule_files/presentations_demo.html) * [ioslides vs. Slidify in R Markdown Presentation](https://yintingchou.com/posts/ioslides-vs-slidify-in-r-markdown-presentation/) * [Comunicando seus resultados com R: aprenda a criar apresentações reprodutíveis](https://www.youtube.com/watch?v=WxKYqtF2qDg) * Git: * [Happy Git and GitHub for the useR](https://happygitwithr.com/index.html) * [RStudio & Github Integration](https://www.youtube.com/watch?v=E2d91v1Twcc)